Все написанное ниже субъективно, продиктовано вкусом и сложившимися устоями опираясь на личный опыт и опыт коллег при создании сайтов

1. Не использовать вспомогательные библиотеки, к примеру bootstrap. Да, можно верстать и без них, получается прилично и скорость разработки не страдает. Но лищнего гораздо меньше.
2. По умолчанию у body ставьте стиль основного текста (шрифт, размер, цвет), у <a> стиль ссылок основного текста.
3. Не использовать в верстке теги <h1>-<h6>, но обязательно прописывать им стили в style.css, в этих тегах не должно содержаться посторонних атрибутов. Это утверждение зависит от ситуации, лично по моему мнению стоит сразу расставлять теги заголовков в верстке. Но, по всей видимости, это делается с той целью, чтобы SEO-шники потом сами опрделились где и что должно быть заголовками.
4. Старайтесь не встраивать скрипты при помощи тегов <script>, а также стили в теге <style>. Рекомендуется выносить скрипты и стили в отдельные подключаемые файлы .js или .css, по возможности, объединять скрипты или стили в один файл.
5. Все скрипты и стили должны подключаться локально, а не со сторонних сайтов.
6. Использовать проверенные скрипты слайдеров и т.д.
7. Шрифты подключаем с Google Fonts, если там отсутствует то подключаем шрифт локально. Подключать со сторонних сайтов (за исключением google fonts) нельзя.
8. Не используйте теги <b>, <i>, <strong>, <em>, <hr> заменяйте их на стили.
9. Все что можно сделать текстом делаем текстом, все графические элементы какие можно сделать через css делаем через css, также используем шрифт Font Awesome для иконок.
10. В верстке надо предусматривать что в кнопки или блоки могут написать текст длиннее, вставить в блок картинку больше чем задумано.
11. Все ссылки должны быть написаны функциями CMS или если нет такой возможности указывать относительные ссылки.
12. Не использовать www в адресе сайта, если того не просит клиент.
13. Внешний контент на сайте помещайте в теги <!--noindex--> <!--/noindex-->, а ссылкам на сторонние ресурсы добавляйте атрибут rel=”nofollow” и target=”_blank” (при необходимости) (кроме копирайта нашей и других веб-студий).
14. На тестовом домене сайт не должен индексироваться поисковыми системами. При переносе на рабочий домен не забываем возвращать индексирование!
15. Есть задание что-то удалить с сайта? Спроси менеджера не на раскрутке ли сайт? На раскрутке? Спроси seo-шника можно ли удалять!
16. При изменении url страницы (например, по просьбе заказчика), делайте 301 редирект.
17. Не забываем делать бэкапы!
18. Файл паролей продумали не случайно. Запиши туда пароль после создания сайта. Сайт перешел на нормальное, а не тестовое доменное имя? Измени запись в файле паролей и поставь строку в соответствующем алфавитном порядке!
19. Сделал сайт? Проверь его на валидность и в популярных браузерах включая старые версии IE.
20. Тестируйте формы отправки сообщений.
21. Не создавайте дублей страниц, особенно главной (если, например, есть страница http://site.ru/glavnaya, то делайте 301 редирект на /).
22. Обязательно создавайте страницу 404. Код ответа сервера долежен быть 404, лучше проверить, были несколько раз "фиаско".
23. Не вставлять информацию в визуальный редактор напрямую из офисных приложений (либо производить очистку кода). Я думаю многие видели какой получается код при вставке из MS Word, например.
24. Обязательно создаем файл в корне сайта robots.txt. Не знаешь как настроить спроси seo-шника.
25. Для WordPress устанавливайте плагины Cyr to Lat enhanced, All in One Seo и Category Seo Meta Tags (можно взять у seo-шника модифицированный).
26. Плагин All in One Seo требует настройки (включая карту сайта), не знаешь как настроить спроси seo-шника.
27. При установке плагинов, следите за тем, чтобы на сайте не появлялись ссылки на эти плагины. Без необходимости не устанавливать много плагинов.
28. Для создания галерей на сайте можно использовать произвольные поля, чтобы не грузить сайт зачастую тяжелыми плагинами галерей.
29. В Wordpress не делайте комментарии через записи! Делайте через comments.php (в противном случае создаются ненужные страницы, которые надо перенаправлять на страницу Отзывы).
30. Вся контактная информация, слайдеры, блоки в которых может меняться информация должны быть доступы для редактирования из админки.
31. В статичных сайтах выносите header, footer, sidebar в отдельные файлы.
32. При переносе сайта заменяйте все адреса почтовых ящиков на адреса почтовых ящиков заказчика.
33. При переносе сайта проверяйте, не слетели ли настройки плагинов (особенно это касается NextGEN Gallery и Contact Form 7).
34. Регистрировали какой-то сервис для сайта (к примеру аккаунт в 2gis) запиши его в пароли.
35. Если у клиента есть старый сайт, то обязательно переносим оптимизацию (если на раскрутке) и ставим редиректы.

Все сказанное можно обсуждать и дополнять в коментариях.